Mozilla do Thunderbirdu 3.0 přidala Chytré složky (Smart Folders) a nastavila je jako defaultní pohled na složky. Chytré složky seskupují k sobě jednotlivé hlavní složky (Doručená pošta, Koncepty, Odeslaná pošta, Archiv, Spam a Koš) ze všech e-mailových účtů.Obsah složek (zprávy) ale nespojují, pouze je zobrazují u sebe.
Uživatelé ale na to nezareagovali příliš kladně, Mozilla proto do Thunderbirdu 3.1 vrátila původní stromové zobrazení složek (seskupených dle e-mailových účtů). Přesto je lze zapnout i v pozdějších verzích.