U prvního přístupu by mohlo dojít k nějaké změně mezi SELECT a INSERT/UPDATE. Příkazy by bylo potřeba uzavřít do transakce.

U druhého přístupu je problém s tím, že MySQL nemění řádky, pokud se nastavují stejné hodnoty, jaké v tabulce už jsou. Díky použití NOW() se toto riziko sice minimalizuje, ale spolehnout se na to nedá.

Nevidím jediný důvod, proč by nad sloupci (user_id, forum_vlakno_id) nemohl být unikátní index. Pak by se dal použít ON DUPLICATE KEY UPDATE.